在鸡蛋的形成过程中，影响蛋壳颜色的色素主要是原卟啉(又称卵卟啉)，由母鸡的蛋壳腺合成。这些色素沉积于蛋壳外层和壳上膜形成了我们所看到的鸡蛋颜色。因此，色素分泌的不同才是让鸡蛋呈现不同颜色的真正原因。
合成原卟啉能力是由遗传因素决定的，所以蛋壳颜色主要受遗传因素的影响。对同一只母鸡来说，蛋壳颜色深浅是比较固定的。天然食物或商品饲料中获得的色素，并不能被沉积到蛋壳中，如果在鸡饲料里添加核黄素和β-胡萝卜素，蛋黄的颜色会变深，蛋壳却未必。
而且母鸡合成原卟啉的遗传能力，由于存在个体差异，即使相同品种的鸡蛋壳颜色也有一定的差别。特别是商品鸡，一般是由多个遗传品系杂交的，差异更为明显。
鸡蛋的重量会随着母鸡年龄的增加而增加，但壳上膜色素的分泌量是固定的，并不因年龄的变化而改变。
因此，当母鸡随着年龄增长而蛋的重量不断增大时，有限的色素就会分布到表面积扩大的蛋壳上，导致蛋壳颜色变浅。
蛋壳的颜色与其包裹着的蛋白和蛋黄的形成没有什么关联，而我们所需求的营养，基本都是来自于蛋白和蛋黄。所以，挑选鸡蛋还是不要太看重蛋壳的颜色，仅凭颜色也很难判断哪种鸡蛋更有营养。因此在鸡蛋的选择上，还是以新鲜为好。